L'Assemblée Générale
C’est l’instance suprême de décision, où les membres peuvent faire valoir leurs droits. Elle décide des orientations et de l’organisation de l’UONGTO. L’assemblée générale se réunit une fois tous les deux ans en session ordinaire, et peut se réunir autant de fois que nécessaire en sessions extraordinaires.
Le Conseil d'Adminitration
Il s’occupe des aspects politiques de l’institution. Le Conseil d’Administration veille au respect des textes de l’organisation et à la réalisation de ses missions en vue de l’atteinte des objectifs. Il est composé de six membres titulaires. Tous les membres sont élus en assemblée générale pour un mandat de deux ans renouvelables une fois. Les membres du Conseil d’Administration sont élus parmi les représentants à l’assemblée générale des ONG membres de l’UONGTO
Les Points Focaux
Cinq (05) Points focaux régionaux : Ce sont des espaces de décentralisation, d’animation de la vie associative de l’UONGTO, de partage et de mutualisation sur toute l’étendue du territoire national existent dans chacune des cinq régions économiques du Togo. Ils sont ouverts aux ONG membres et non membres de l’UONGTO ainsi qu’aux Organisations Communautaires de Base (OCB). Le point focal régional est l’instance de concertation des ONG d’une même région
Direction Exécutive
C’est l’organe opérationnel de l’institution, formé d’une équipe pluridisciplinaire. Elle est chargée de la planification et de l’exécution des programmes.